Chính phủ Cộng hòa tự trị Nam Kỳ thành lập vội vã, thiếu sự ủng hộ của quần chúng lao động mà chỉ trông vào giới trung lưu người Việt, và thậm chí, bị ngay chính người Pháp đối xử tàn tệ. Bản thân chính phủ không có tài chính, không có quân đội, không có cả trụ sở. Bác sĩ Nguyễn Văn Thinh phải lấy phòng mạch bác sĩ của ông làm nơi làm việc của chính phủ.[6]

Ngày 10 tháng 11 năm 1946, sau khi nhận thấy mình đã bị Pháp lừa và lợi dụng, ông đã tự tử bằng cách thắt cổ, trên bàn viết gần đó có quyển sách thuốc còn mở ra ở trang nói về "Thắt cổ" (Pendaison).[7]

Trước năm 1975 ở Saigon có một con đường mang tên Nguyễn Văn Thinh nay là đường Mạc Thị Bưởi.